彭 楠

在生物学和医学领域，高通量免疫序列测序被视为前景广阔的新统计诊断方法。与转录组学等其他领域相比，免疫组库研究的难度在于个体免疫复合物的高度多样性。最近在免疫复合物测序方面取得的技术进步为我们进一步了解各种健康和疾病状态下的适应性免疫反应动态创造了巨大的潜力。然而，免疫复合物测序会产生大量高度复杂的数据集，需要专门的可视化方法才能对其进行有效的分析和解读。本文系统地综述了免疫组库可视化分析的主要方法，包括克隆型分布、VJ组合、网络图及降维可视化，旨在为相关领域的研究提供详细的技术参考。

免疫组库；高通量免疫序列测序；可视化分析方法

[1] Heather J M, Ismail M, Oakes T, et al. High-throughput sequencing of the T-cell receptor repertoire: pitfalls and opportunities[J]. 2018, 19(4): 554-565. [2] Freeman J D, Warren R L, Webb J R, et al. Profiling the T-cell receptor beta-chain repertoire by massively parallel sequencing[J]. Genome Research, 2009, 19(10): 1817-1824. [3] Greiff V, Miho E, Menzel U, et al. Bioinformatic and Statistical Analysis of Adaptive Immune Repertoires[J]. Trends in Immunology, 2015, 36(11): 738-749. [4] Arunkumar M, Zielinski C E. T-Cell Receptor Repertoire Analysis with Computational Tools—An Immunologist’s Perspective[J]. Cells, 2021, 10(12): 3582. [5] 赵海洋,华桦,薛晓宇,等.中医治未病的监管科学:免疫组库(TCR/BCR)作为一种新型“全息”生物标志物的应用与展望[J].中国科学基金:1-11. [6] 赵卓明,刘振浩,鲁曼曼,等.基于TCR组库分析流程的非小细胞肺癌特征分析[J].上海交通大学学报(医学版),2023,43(12):1520-1528. [7] 宁可,高建龙,马恩泽,等.单细胞TCR测序分析新冠患者不同感染时期免疫组库特征[J].中国免疫学杂志:1-14. [8] Bolotin D A, Poslavsky S, Mitrophanov I, et al. MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling[J]. Nature Methods, 2015, 12(5): 380-381. [9] Graves J, Byerly J, Priego E, et al. A Review of Deep Learning Methods for Antibodies[J]. Antibodies, 2020, 9(2): 12. [10] Six A, Mariotti-Ferrandiz M E, Chaara W, et al. The Past, Present, and Future of Immune Repertoire Biology – The Rise of Next-Generation Repertoire Analysis[J]. Frontiers in Immunology, 2013, 4: 413. [11] Georgiou G, Ippolito G C, Beausang J, et al. The promise and challenge of high-throughput sequencing of the antibody repertoire[J]. Nature Biotechnology, 2014, 32(2): 158-168.

点击下载PDF